瑶药用药种类包括：植物药、动物药、矿物药和其他“四类”。
植物药：是将植物作为药物使用，主要的用药部位包括植物的：根、茎、叶、花、皮、果实、种子、全草等。不同的用药部位其性状功能、采集加工都各自不同。
动物药：是以动物用药，主要包括：蛇类药、虫类药、鱼类药、贝类药及飞禽类药等。用药部位包括动物的：角、皮、骨、肉、血、内脏、全体;蜂类的巢;动物的粪便、结石等。
矿物药：矿物药指含有金属的：矿石、金属、泥土;燃烧后的烟灰等作为药物使用，称为矿物药。
苔藓植物 · 蕨类植物
据一些瑶族地区的药物资源调查报告统计，查阅有关瑶医药文献进行统计分析，瑶医使用药物品种中：土、石、草;鸟、兽、虫、鱼，无所不包。
广西瑶医用药品种已达：1392种，其中 ，
植物药：1336种(隶属于198科716属);动物药：43种(隶属32科37属);
矿物药：4种;其他类：9种。
植物药中，
藻菌、苔藓植物：8种(5科7属);
蕨类植物：63种(26科43属);
裸子植物：9种(7科8属);双子叶植物：1099种(136科577属);
单子叶植物：157种(24科101属)，
约占广西药用植物种类的30%。瑶医应用较多的药用植物有：兰科、蓼科、菌科、豆科、唇形科、蔷薇科、葫芦科、百合科、水龙骨科等。
广西民族医药研究所对有关瑶医瑶药发掘整理研究工作不断加强，通过专职瑶医长期的医疗实践并与各民族医药，特别是在与中医药的交流中，不断得到丰富和发展，一些确有疗效的瑶医验方开始得到临床验证，瑶药分类鉴别、药理药化研究工作不断深入。
瑶族医药已由原始的经验医药的积累与流传向实验医药纵深发展，逐步形成了具有本民族特色的瑶族医药学。
